违规运行问题严重的企业是：
1、广西超大运输集团有限责任公司，违规运行客车18辆，违规运行48次。
2、广东湛江廉江市安达运输有限公司，违规运行客车15辆，违规运行63次。
3、北京银建运输有限公司，违规运行客车12辆，违规运行23次。
4、云南保山交通运输集团有限责任公司昌宁分公司，违规运行客车12辆，违规运行12次。
5、河南商丘交通运输集团有限公司，违规运行客车11辆，违规运行25次。
6、云南文山交通运输集团公司，违规运行客车11辆，违规运行14次。
7、北京银建国际旅行社有限公司，违规运行客车10辆，违规运行11次。
8、云南昆明交通运输集团公司，违规运行客车10辆，违规运行10次。
9、广东中山市汽车运输有限公司，违规运行客车7辆，违规运行13次。
10、云南昭通交通运输集团公司，违规运行客车7辆，违规运行10次。
客运车辆夜间违规运行往往超员载客、疲劳驾驶，严重影响交通安全，一旦发生意外，后果惨重。为此，国务院规定长途客运车辆凌晨2时至5时 要停车休息，有接驳运输能力的要安排接驳运输。目前，各地公安交管部门已要求主管部门将上述违规公司及车辆停运整改，下一步将继续深入开展夜间道路通行安 全检查，加大重点时段、重点路段巡逻管控力度，及时发现纠正违规运行车辆，减少安全隐患，有效防范发生重特大道路交通事故。